RAPID

RAPID: Randomized Pharmacophore Identification for Drug Design adalah Ketika struktur tiga dimensi dari reseptor diketahui, metode docking mengeksploitasi informasi geometrik dan kimia yang tersedia. Namun, struktur geometrik relatif sedikit molekul telah diperoleh melalui kristalografi sinar-X atau teknik NMR. Dalam upaya untuk mengembangkan obat-obatan farmasi untuk reseptor yang strukturnya tidak diketahui, ahli kimia mulai dengan kumpulan ligan yang telah secara eksperimental ditemukan untuk berinteraksi dengan reseptor yang dianggap . Dengan memeriksa sifat-sifat kimia dan bentuk-bentuk yang mungkin dari ligan-ligan ini, mereka mencoba untuk mengidentifikasi satu set fitur yang tertanam dalam 3 yang terkandung dalam beberapa konformasi aktif dari masing-masing (atau sebagian besar) ligan. Ini disebut pharmacophore dan itu dianggap bertanggung jawab atas aktivitas obat yang diamati. Fitur farmakofora berinteraksi dengan fitur reseptor, sementara sisa ligan bertindak sebagai perancah. Setelah farmakofora telah diisolasi, itu dapat digunakan untuk lebih meningkatkan aktivitas obat farmasi (Dror,et al, 2010)

         Kami mempertimbangkan masalah berikut: diberi serangkaian ligan yang berinteraksi dengan reseptor yang sama, menemukan invariants geometrik dari ligan ini, yaitu serangkaian fitur yang disematkan dalam R3 yang hadir dalam satu atau lebih konformasi valid dari masing-masing ligan. Kami menyebut masalah ini sebagai masalah identifikasi farmakofora. Solusinya membutuhkan berhubungan secara efisien dengan sejumlah besar data spasial dan informasi bentuk. Molekul ligan sangat fleksibel dan dapat berasumsi banyak konformasi yang berpotensi valid. Konformasi yang valid adalah realisasi spasial yang kaku dari atom-atom suatu molekul yang energinya berada di bawah ambang batas yang telah ditentukan . Selain menyediakan template untuk desain obat, identifikasi geometrik invariant berguna dalam merumuskan query database untuk mengambil persamaan fungsional, tetapi secara struktural baru, molekul dari database molekuler [4] dan dalam menyarankan keberpihakan molekul untuk input ke CoMFA (Comparative Molecular Field Analysis) dan metode 3D QSAR (Metode Relatif-Aktivitas Hubungan) lainnya (Finn, et al,1998)

Dalam blog ini saya menjelaskan upaya saya untuk prototipe sistem perangkat lunak yang terintegrasi, yang disebut RAPID (RAndomized Pharmacophore Identification for Drug design) untuk mengatasi masalah identifikasi farmakofora. saya menyajikan secara singkat struktur keseluruhan pekerjaan RAPID dan garis besar terkait dalam Bagian 2. Dua modul utama RAPID, pencarian konformasi dan identifikasi invariants, dijelaskan dalam Bagian 3 dan 4. Dalam Bagian 5 saya melaporkan hasil eksperimen awal dan dalam Bagian 6 , kami menyimpulkan dengan diskusi tentang beberapa pertanyaan terbuka yang patut dipertimbangkan lebih lanjut 

Pertanyaan:

1. Apa manfaat penggunaan Rapid dalam bidang Kesehatan?

2. Apa keuntungan dari sistem Rapid?

3. Bagaimana cara menentukan ligan dan kromofornya?

DAFTAR PUSTAKA

Dror, O., Schneidman-Duhovny, D., Inbar, Y et al. 2009. A Novel Approach for Efficient Pharmacophore-based Virtual Screening: Method and Applications. J Chem Inf Model; 49(10): 2333–2343.

Finn P.W., L.E. Kavraki, J.-C. Latombe, et al. 1998. RAPID: Randomized Pharmacophore Identification For Drug Design. Computational Geometry. (10). 263-268